Nový nástroj umožňuje rapidní analýzu koronavirových sekvencí a sledování variant

12. 5. 2021

Pandemie vyvolala průzkum genomu virů v bezprecedentním rozsahu. Vědci po celém světě využívají genového sekvenování ke sledování nových mutací viru SARS-CoV-2. Rychlá akumulace sekvencí genomu představuje nové příležitosti pro sledování globální i lokální dynamiky přenosu, nicméně analýza takového množství dat je náročná, konstatují autoři článku v časopise Nature Genetics.

V současnosti už existuje více jak milion genových sekvencí viru SARS-CoV-2. To ztěžuje umístění nových informací do "příbuzenského stromu" ukazujícího, jakým způsobem jsou spolu viry spojeny. Nicméně skupina výzkumníků z University of California Santa Cruz Genomic Institute vyvinula novou metodu, která to dokáže s bezprecedentní rychlostí. Nástroj zvaný Ultrafast Sample Placement on Existing Trees (UShER) identifikuje příbuzenské vztahy mezi nově sekvenovanými virálními genomy a všemi dosud známými genomy viru SARS-CoV-2 tak, že je umisťuje do existujícího fylogenetického stromu.

Tento typ sekvenční analýzy lze využít k objevení nových mutací viru hned jak se vyskytnou a sledování jejich vývoje a dynamiky přenosu. Lze jej také využít k identifikaci spojení mezi jednotlivými případy koronavirové infekce a ke sledování přenosových řetězců.

Nástroj UShER a s ním spojené vizualizační nástroje jsou výzkumné komunitě dostupné prostřednictvím univerzitního produktu SARS-CoV-2 Genome Browser, který dále poskytuje i přístup rozsáhlým datům a výsledkům probíhajících výzkumů, včetně zkoumání nových variant, které jsou zvlášť znepokojující.

Vědci identifikovali několik důležitých mutací, které způsobují vyšší nakažlivost viru. V USA nyní dominuje varianta označovaná jako B.1.1.7.

Výzkumníci uvádějí, že nástroj UShER najde správné umístění nového virového genomu v 97 % případů. Ve zbylých 3 % jsou nepřesná umístění velmi blízko těm správným a stále jsou užitečná pro sledování kontaktů.

Podrobnosti v angličtině: ZDE

1
Vytisknout
1284

Diskuse

Obsah vydání | 13. 5. 2021